Изучение жизни моря невозможно без исследований непосредственно в море. В 1976 году на воду был спущен нынешний флагман научно-исследовательского флота Черного моря НИС «Профессор Водяницкий», построенный на верфи в г. Турку в Финляндии. В первых числах марта 1976 года корабль впервые вошел в порт приписки Севастополь и с тех пор стал неотъемлемой частью Института биологии южных морей. На настоящий момент НИС «Профессор Водяницкий» единственное в Крыму специализированное научное судно, которое способно выполнять весь спектр геолого-разведывательных, океанографических и гидробиологических исследования на всей акватории Черного моря. НИС «Профессор Водяницкий» является судном серии, которая предназначалась для проведения океанографических и геолого-физических исследований в мировом океане, в том числе в районах тропиков и Арктики. Класс плавания неограниченный. В настоящее время судно осуществляет более 100 судосуток в год как в рамках работы по государственному заданию, так и в коммерческих рейсах.
В распоряжении учреждения для морских исследований также находятся суда малого флота: МНИС СМБ-40 «Виктория», МНИС ЯЛ-6 «Аквариум», МНИС ПВК «Калкан».
По вопросам сотрудничества с научным флотом ФИЦ ИнБЮМ необходимо обратиться в отдел флота:
Электронный адрес: flot@ibss-ras.ru